[양도세, 사례로 풀어 드립니다 #13] 토지거래허가구역 땅 양도세, 잔금일과 신고기한 계산
- 허가를 먼저 받고 팔았다면 보통 땅과 같습니다. 잔금 받은 날과 등기 접수일 중 빠른 날이 양도한 날이 돼요.
- 잔금을 먼저 받고 허가가 나중에 났다면 기준일과 신고 기한을 따로 봅니다. 세금 계산은 잔금일 기준이고, 신고 기한은 허가일(또는 구역 해제일)을 기준으로 잡습니다.
- 허가 없이 중간에 되파는 거래는 계약이 무효여도 양도세가 나올 수 있고, 불이익이 큽니다.
이런 고민, 하고 계신가요
오미숙 씨(가명)는 아버지께 물려받은 경기도 외곽의 밭을 갖고 있었습니다. 작년 6월 이웃 농장주에게 팔면서 잔금 3억 2천만 원까지 모두 받았어요. 그런데 그 땅이 토지거래허가구역(땅을 사고팔 때 시·군·구청 허가를 먼저 받아야 하는 지역)이었고, 허가는 올해 2월에야 나왔습니다. "돈 받은 날 기준으로 신고해야 하나요, 허가 난 날 기준인가요? 벌써 기한을 넘긴 건 아닐까요?" 미숙 씨가 이렇게 물어 오셨습니다.

먼저 결론부터
- 허가를 먼저 받고 팔았다면 보통 땅과 같습니다. 잔금 받은 날과 등기 접수일 중 빠른 날이 양도한 날이 돼요.
- 잔금을 먼저 받고 허가가 나중에 났다면 기준일과 신고 기한을 따로 봅니다. 세금 계산은 잔금일 기준이고, 신고 기한은 허가일(또는 구역 해제일)을 기준으로 잡습니다.
- 허가 없이 중간에 되파는 거래는 계약이 무효여도 양도세가 나올 수 있고, 불이익이 큽니다.
하나씩 따져 보기
허가가 나기 전 계약은 효력이 멈춰 있어요
허가구역에서 허가 없이 맺은 매매계약은 효력이 없습니다. 그렇다고 영영 무효로 끝나는 건 아니에요. 나중에 허가가 나면 계약한 때로 거슬러 올라가 유효해집니다. 이 상태를 유동적 무효(지금은 무효지만 허가가 나면 처음부터 유효였던 것으로 되는 상태)라고 부릅니다.
신호등 앞에 멈춘 차를 떠올려 보세요. 출발 준비는 끝났어도 초록불(허가)이 켜지기 전에는 움직일 수 없죠. 소득세법은 '양도'를 자산을 대가를 받고 사실상 넘기는 것으로 정의합니다. 효력이 없는 계약으로는 아직 넘어갔다고 보기 어렵기 때문에, 과세관청은 허가 전에는 양도세를 매길 수 없다고 봅니다.

세금 기준일은 잔금일, 신고는 허가 뒤에
초록불이 켜지면 계약은 소급해서 살아납니다. 이때 양도한 날은 허가일이 아니라 잔금을 다 받은 날로 봐요. 그래서 장기보유특별공제(오래 가진 만큼 양도차익을 깎아 주는 제도)의 보유기간, 비사업용 토지인지 여부, 적용 세율, 자경농지 감면 요건도 모두 잔금일을 기준으로 따집니다.
신고 기한은 다르게 잡습니다. 허가받은 날이 속한 달을 기준으로 예정신고(팔고 나서 일정 기간 안에 미리 하는 신고) 기한을 새로 계산하거든요. 허가를 받지 않고 기다리다가 구역 지정이 풀렸다면 해제된 날이 기준이 됩니다. 미숙 씨는 아직 늦지 않았고, 올해 2월을 기준으로 계산한 기한 안에 신고하면 됩니다. 가산세(신고·납부가 늦으면 붙는 벌칙 세금)도 이 기한 다음 날부터 따진다고 보는 것이 과세관청과 심판 기관의 입장이에요.
허가 없이 되판 거래는 사정이 다릅니다
이런 거래가 있었습니다. 김씨가 박씨에게 땅을 팔았고, 박씨는 등기를 하지 않은 채 최씨에게 다시 팔았어요. 그러고는 허가를 김씨와 최씨 사이의 거래인 것처럼 받았습니다. 실제와 다른 계약서를 꾸민 셈이라 부동산 거래 관련 법에서는 이 거래를 무효로 봅니다.
예전에는 무효인 거래에는 과세할 수 없다고 보았어요. 그러다 법원이 판단을 바꿨습니다. 대금을 받아 이익을 챙겼고 원상회복(대금 반환과 등기 되돌리기)을 하지 않았다면 과세할 수 있다는 것이죠. 이렇게 되면 김씨와 박씨가 각각 양도세를 냅니다. 박씨는 미등기 양도(등기 없이 판 것)로 보아 가장 무거운 세율이 적용되고, 장기보유특별공제도 받지 못합니다.
거짓 계약서가 끼어 있으니 가산세가 무거워지고, 세무서가 세금을 다시 매길 수 있는 기간도 길어집니다. 허가 없이 계약하거나 부정하게 허가를 받으면 형사처벌 대상이기도 하고요. 처음부터 하지 말아야 할 거래입니다.

숫자로 보기
미숙 씨 사례(가상)를 기준일별로 정리하면 이렇습니다.
| 항목 | 무엇을 기준으로 | 날짜 |
|---|---|---|
| 계약 체결 | 계약일 | 2025년 4월 10일 |
| 양도시기 | 잔금 청산일 | 2025년 6월 20일 |
| 보유기간·세율·비사업용 토지 판단 | 잔금 청산일 | 2025년 6월 20일 |
| 예정신고 기한 계산 | 허가일이 속한 달 | 2026년 2월 |
양도차익도 계산해 보겠습니다. 세율과 감면 요건(직접 농사지었는지 등)은 확인이 필요해서 양도차익까지만 계산했고, 세액과 지방소득세는 넣지 않았습니다.
| 구분 | 금액 |
|---|---|
| 양도가액 | 3억 2,000만 원 |
| 취득가액(상속 당시 평가액) | 1억 4,000만 원 |
| 필요경비(측량비·중개수수료 등) | 1,000만 원 |
| 양도차익 | 1억 7,000만 원 |
상황별 판단 기준도 함께 보세요.
| 상황 | 판단 |
|---|---|
| 허가 먼저, 잔금 나중 | 보통 거래와 같음(잔금일·등기 접수일 중 빠른 날) |
| 잔금 먼저, 허가 나중 | 기준일은 잔금일, 신고 기한은 허가일 기준 |
| 잔금 후 구역 지정 해제 | 신고 기한은 해제일 기준 |
| 허가 못 받은 채 경매로 넘어감 | 양도로 보지 않은 판단이 있음 |
| 허가 없이 되팔기 | 과세 대상, 미등기 양도로 중과 |

놓치기 쉬운 함정
- 허가가 나기 전에 잔금일 기준으로 서둘러 신고·납부했다면, 기한보다 너무 일찍 낸 세금으로 볼 여지가 있습니다. 이런 경우 환급가산금(돌려줄 세금에 붙는 이자)까지 줘야 한다고 본 판단이 있으니 확인해 보세요.
- 허가일을 기준으로 보유기간을 길게 잡으면 안 됩니다. 장기보유특별공제와 세율은 잔금일 기준이에요.
- 허가 받을 노력 없이 땅을 묵혀 두다가 수용된 경우에도 미등기 양도로 본 사례가 있습니다. "어쩔 수 없었다"는 사정이 쉽게 인정되지 않아요.
- 요즘은 주택과 그 부속토지도 허가구역으로 묶이는 곳이 있습니다. 조정대상지역과는 다른 제도이고 실거주 의무 같은 허가 조건이 붙으니, 살 때부터 요건을 확인해야 합니다.

근거 조문
- 소득세법 제88조(정의): 양도는 등기와 관계없이 자산을 대가를 받고 사실상 넘기는 것
- 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기): 원칙은 대금 청산일, 등기를 먼저 했으면 등기 접수일
- 소득세법 제104조(양도소득세의 세율): 미등기 양도자산에는 따로 무거운 세율 적용
- 소득세법 제105조(양도소득과세표준 예정신고): 허가 전에 대금을 청산한 경우 허가일·해제일 기준으로 신고
- 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제11조(허가구역 내 토지거래에 대한 허가): 허가구역 안 토지거래는 허가가 필요함
오늘의 점검표
- [ ] 내 땅(또는 집)이 토지거래허가구역인지 지자체 공고로 확인했다
- [ ] 잔금 받은 날, 등기 접수일, 허가일을 각각 적어 두었다
- [ ] 보유기간과 세율은 잔금일 기준으로 계산했다
- [ ] 예정신고 기한은 허가일(또는 해제일) 기준으로 확인했다
- [ ] 실제 거래와 다른 계약서나 중간 전매는 없다
세무법인대승이 도와드립니다
허가구역 땅은 기준일이 둘로 나뉘어서 혼자 계산하다 보면 기한이나 공제를 놓치기 쉽습니다. 팔기 전에 비과세·중과 대상인지 판단하는 일부터 양도세를 미리 계산해 보는 일, 신고까지 세무법인대승이 함께하겠습니다. 계약서와 허가증을 준비해서 편하게 상담을 요청해 주세요.