[부가세, 신고 전에 보세요 #2] 세금계산서 늦게 받으면 매입세액 공제 못 받나요?

이런 고민, 하고 계신가요

경기도 이천에서 원목 가구 공방을 하는 박 대표는 봄에 거래처에서 원목 자재를 들여왔습니다. 공급가액 3,000만원, 부가가치세 300만원짜리 거래였어요. 그런데 거래처가 세금계산서를 깜빡했고, 박 대표도 신고 준비를 하다가 그제서야 빠진 걸 알았습니다. "지금이라도 받으면 공제가 되나요? 신고가 끝난 뒤에 받으면 300만원은 그냥 사라지나요?" 이번 편은 이 질문에 답해 보려고 합니다.

먼저 결론부터

1. 공급시기(물건을 넘겨받거나 서비스를 받은 때) 뒤에 받은 세금계산서라도, 그 과세기간의 확정신고기한까지 받았다면 매입세액(물건이나 서비스를 살 때 낸 부가가치세)을 공제받을 수 있어요.
2. 확정신고기한이 지난 뒤에 받았더라도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내라면 공제받을 길이 있어요. 수정신고서와 경정청구서를 세금계산서와 함께 내거나, 세무서가 결정·경정해 주는 경우입니다.
3. 그 1년마저 지나면 시행령 제75조가 정한 예외에 들지 못해요. 그래서 원칙대로 공제받지 못할 수 있습니다.

하나씩 따져 보기

원칙은 세금계산서를 받아야 공제된다는 것

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서를 받지 않은 매입세액은 공제하지 않는다고 정하고 있어요. 다만 같은 호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"는 예외로 두는데, 그 예외를 적어 둔 곳이 시행령 제75조입니다. 늦게 받은 세금계산서가 공제되느냐는 결국 이 조문의 어느 호에 해당하느냐를 보면 됩니다.

확정신고기한까지 받았다면

시행령 제75조 제3호는 공급시기 이후에 발급받았더라도 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지 받은 세금계산서는 공제해 준다고 정하고 있어요. 박 대표가 이번 확정신고 전에 거래처에 연락해서 발급을 받아 두면, 이번 신고에 그대로 넣을 수 있습니다. 종이 세금계산서라면 제5호에 따라 기한 안에 받았고 거래사실도 확인되어야 해요.

확정신고기한을 넘겼다면

제75조 제7호를 보면 됩니다. 세금계산서 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이면서, 국세기본법 시행령에 따른 과세표준수정신고서와 경정청구서를 세금계산서와 함께 제출하거나 거래사실이 확인되어 세무서장 등이 결정·경정하는 경우에 공제됩니다. 이미 신고를 마쳤다면 혼자 처리하지 말고 어떤 서류로 진행할지 세무대리인과 먼저 정해 보세요.

거꾸로 너무 일찍 받은 경우

제75조 제8호는 공급시기보다 먼저 받은 세금계산서도 다룹니다. 실제 공급시기가 발급일부터 6개월 이내에 오고, 거래사실이 확인되어 세무서장 등이 결정·경정하는 경우에는 공제될 수 있어요.

숫자로 보기

박 대표의 이번 과세기간 매출세액(물건을 팔 때 받은 부가가치세)은 1,200만원이고, 정상적으로 받은 매입세액은 500만원이라고 해 볼게요. 늦은 세금계산서의 부가가치세 300만원을 언제 받느냐에 따라 흐름이 달라집니다.

이 계산은 부가가치세만 본 것이라 지방소득세는 들어가지 않아요. 가산세와 환급가산금도 넣지 않았습니다. 경우 B는 결국 A와 같은 세금을 내지만 돈이 몇 달 묶이고 서류도 더 내야 해요. 경우 C는 300만원을 그대로 더 내게 됩니다.

놓치기 쉬운 함정

1. 기준은 확정신고기한입니다. 예정신고 때 빠졌더라도 확정신고기한까지만 받으면 제3호로 공제받을 수 있으니 미리 포기하지 마세요.
2. 1년은 공급일이 아닌 세금계산서 발급일로, 확정신고기한 다음 날부터 따집니다. 거래처가 미루는 사이 기간이 지나가지 않게 날짜를 적어 두세요.
3. 거래 없이 받는 가공 세금계산서나 발급일을 실제와 다르게 맞춘 세금계산서는 공제 대상이 될 수 없어요. 세무조사에서 바로 문제가 되는 행동이니 아예 생각하지 마세요.
4. 기한을 지켰더라도 사업과 관련 없는 지출, 기업업무추진비, 제39조 제1항 제5호의 자동차 관련 매입세액이면 제39조의 다른 호에 따라 공제되지 않아요. 매입처별 세금계산서합계표를 빠뜨리거나 틀리게 적어도 그 부분은 공제받지 못합니다.

근거 조문

• 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액): 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항이 틀린 매입세액 등은 공제하지 않음
• 부가가치세법 시행령 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제): 제3호·제5호(확정신고기한까지 발급), 제7호(기한 다음 날부터 1년 이내 발급), 제8호(공급시기 6개월 전 발급)는 예외로 공제

오늘의 점검표

• [ ] 이번 과세기간 거래 가운데 세금계산서를 아직 못 받은 건이 있는지 확인했다
• [ ] 못 받은 건은 확정신고기한 전에 받도록 거래처에 요청했다
• [ ] 지난 기간에 빠진 세금계산서가 있다면 발급일이 1년 안에 드는지 따져 봤다
• [ ] 받은 세금계산서가 사업 관련 지출인지, 불공제 항목은 아닌지 나눠 봤다
• [ ] 매입처별 세금계산서합계표에 등록번호와 공급가액이 맞게 들어갔는지 봤다

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세무법인대승은 사업자의 기장과 부가가치세 신고를 함께 맡으면서, 신고 전에 세금계산서 발급·수취 누락, 불공제 분류, 폐업이나 과세유형 전환에 따른 문제를 미리 점검합니다. 늦게 받은 세금계산서 때문에 공제를 놓칠까 걱정되신다면 신고 전에 상담을 받아 보세요.