요양급여 환수금, 진료한 해 종합소득세에서 빼고 돌려받은 사례

이런 처분을 받았습니다

A씨와 B씨는 2006년 4월부터 중환자실을 갖춘 의료기관 한 곳을 함께 운영했습니다. 2018년에 각자 지분을 다른 사람에게 넘기고 손을 뗐습니다.

그런데 2018년쯤 보건복지부가 현지조사를 나왔습니다. 중환자실 병상에 필요한 의료장비를 제대로 갖추지 못했다는 지적이 나왔습니다. 2022년에 과징금이 부과됐고, 두 사람에게 요양급여비용(건강보험공단이 병원에 내주는 진료비) 일부를 환수(이미 준 돈을 다시 거둬 가는 것)하는 처분도 내려졌습니다.

두 사람은 소송을 냈고 2025년 1월 9일 대법원에서 결론이 났습니다. 과징금은 취소됐지만 환수처분은 그대로 유지됐습니다. 두 사람은 그해 환수금을 모두 냈습니다.

문제는 세금이었습니다. 이 진료비는 2015~2018년에 이미 수입으로 신고하고 종합소득세도 냈거든요. 두 사람은 2025년 2월 25일 후발적 경정청구(신고 뒤에 생긴 사정 때문에 세금을 고쳐 달라고 하는 신청)를 냈습니다. 돌려준 돈을 2015~2018년 수입에서 빼고 그해 세금을 환급해 달라는 내용이었습니다. 세무서는 2025년 4월에 이를 거절했습니다.

세무서는 이렇게 봤습니다

세무서는 환수금을 환수가 확정된 해의 수입에서 빼야 한다고 했습니다. 소득세는 해마다 끊어서 계산하니, 지나간 해에 정상적으로 확정된 소득은 나중 일로 바뀌지 않는다는 것이죠.

외상값을 못 받게 된 대손금(떼인 매출)도 예로 들었습니다. 대손금은 원래 매출을 올린 해를 고치지 않고 떼인 해의 비용으로 처리하거든요. 진료도 정상적으로 했고 대가만 돌려준 것이니 같은 방식으로 처리하면 된다는 주장이었습니다. 계약 해지로 돌려준 돈을 해지가 확정된 해에 반영하라는 국세청 해석들도 근거로 냈습니다.

청구인은 이렇게 맞섰습니다

1. 소득세법상 의료 같은 용역 수입은 대가를 받기로 한 날과 용역을 다 제공한 날 중 빠른 날이 속하는 해의 수입입니다.
2. 공단의 환수결정 내역서에 적힌 진료개시일자를 보면 진료는 모두 2015~2018년에 끝났습니다.
3. 나중에 환수됐다는 건 처음에 세금을 매긴 기초가 바뀐 것입니다. 그러니 수입을 빼는 해도 그때로 봐야 합니다.
4. 과세의 근거였던 소득이 없어졌는데 세금 부담은 그대로 지라고 하면 납세자 권리를 지나치게 침해하는 것입니다.

조세심판원의 판단

소득이 실현되지 않은 것으로 확정됐다

조세심판원은 대법원 전원합의체 판결과 심판원 합동회의 결정의 논리를 가져왔습니다. 일단 소득이 생겨 납세의무가 성립했더라도, 나중에 그 이익을 잃게 되는 일이 실제로 일어나 소득이 실현되지 않은 것으로 확정되면 후발적 경정청구로 세금 부담에서 벗어날 수 있다는 내용입니다.

이 사건에서는 환수처분이 대법원에서 최종 확정됐고 두 사람이 실제로 환수금을 다 냈습니다. 심판원은 이로써 환수금이 소득으로 실현되지 않은 것으로 확정됐고, 처음의 납세의무가 "그 전제를 상실"했다고 봤습니다.

수입에서 빼는 해는 2015~2018년

그래서 환수금을 수입에서 빼는 해는 처음 납세의무가 생긴 2015~2018년으로 보는 게 합리적이라고 판단했습니다. 같은 취지의 이전 심판례도 함께 들었습니다.

결론은 취소입니다. 두 사람의 2015~2018년 귀속 종합소득세 경정청구를 거절한 처분이 모두 취소됐습니다. 세무서가 그 연도 세금을 다시 계산해서 돌려줘야 한다는 뜻입니다.

이 판단은 결정 당시 법 기준입니다. 또 세무서가 낸 국세청 해석들처럼 반환한 해에 처리하라는 해석도 여전히 있습니다. 비슷하다고 다 이기는 건 아니라는 점은 꼭 기억해 두세요.

우리 사업장에 적용하면

이 사건에서 중요했던 사실은 두 가지입니다. 환수가 대법원까지 가서 최종 확정됐고 돈도 실제로 냈다는 것, 그리고 공단 내역서로 진료한 연도가 하나하나 확인됐다는 것입니다.

반대로 환수가 아직 다툼 중이거나 금액이 확정되지 않았다면 경정청구를 할 근거가 약합니다. 단순한 계약 해지나 할인처럼 거래 자체는 정상이었던 경우는 세무서 쪽 논리가 적용될 여지가 큽니다. 내 경우가 '소득이 처음부터 없던 것으로 확정된 경우'인지부터 따져 보세요.

비슷한 처분을 받았다면

세무서에서 과세예고통지나 세무조사 결과통지를 받았다면 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사(세금 고지 전에 미리 따져 보는 절차)를 청구할 수 있습니다. 이미 고지서를 받았거나 이 사건처럼 경정청구 거부 통지를 받았다면, 받은 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내입니다.

후발적 경정청구 자체도 기한이 짧습니다. 환수 확정 같은 사유가 생긴 걸 안 날부터 3개월 이내(현행 기준)에 내야 하니, 판결이 확정되면 바로 세금 쪽도 함께 챙기세요. 환수처분을 두고 다투는 소송은 변호사가 맡고, 세금 쪽 경정청구와 심판청구는 세무사가 대리할 수 있습니다.

근거 조문

• 소득세법 제39조(총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등): 수입과 비용은 확정된 날이 속하는 해에 반영합니다.
• 국민건강보험법 제57조(부당이득의 징수): 공단은 부당하게 받은 요양급여비용을 다시 거둬 갑니다.
• 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구): 신고 뒤 생긴 사정으로 세금을 고쳐 달라고 하는 근거입니다.
• 국세기본법 제68조(청구기간): 심판청구는 처분 통지를 받은 날부터 90일 이내입니다.
• 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사): 통지를 받은 날부터 30일 이내에 청구합니다.

원출처

• 조세심판원 조심 2025서2204 (종합소득세, 인용): 요양급여 환수가 확정되면 환수금은 원래 진료한 2015~2018년 수입에서 빼야 하므로, 경정청구 거부처분을 취소함

오늘의 점검표

• [ ] 건강보험공단 환수처분이나 반환 결정을 받은 적이 있는지 확인했다
• [ ] 환수가 최종 확정된 날짜와 실제 납부일을 서류로 갖고 있다
• [ ] 환수결정 내역서에서 진료한 연도를 확인했다
• [ ] 그 연도에 해당 수입을 신고하고 세금을 냈는지 신고서로 확인했다
• [ ] 후발적 경정청구 기한(사유를 안 날부터 3개월)을 달력에 적어 두었다
• [ ] 거부 통지를 받았다면 90일 안에 불복할지 정했다

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