[세금, 다시 따져 봤습니다 #13] 물건은 받았는데 위장세금계산서, 심판청구로 부가세 취소

이런 처분을 받았습니다

A법인은 2016년부터 제조업을 해 온 회사입니다. 2020년 제1기에 거래처 B사에서 통신부품을 사 왔고, B사가 발행한 세금계산서 2장을 받아 부가세 매입세액을 공제받았습니다. 법인세 신고 때는 매입액을 비용으로 넣었고요. 사 온 부품은 일부 가공해서 원청업체에 납품했습니다.

그런데 B사 관할 세무서가 2024년 7월부터 10월까지 B사를 조사하면서 이 거래를 가공거래(실제 거래 없이 세금계산서만 주고받은 것)로 보고, A법인 관할 세무서에 과세자료를 넘겼습니다.

A법인 관할 세무서는 판단을 조금 달리했습니다. 물건이 실제로 오간 건 인정했어요. 다만 세금계산서에 적힌 공급자가 실제 공급자와 다르다고 봤습니다. 이런 세금계산서를 위장세금계산서라고 하거든요. 그래서 2025년 12월 5일에 세 가지를 고지했습니다. 매입세액 불공제(공제받은 부가세를 다시 내라는 것), 부가세 가산세, 법인세 증명서류수취불성실가산세(제대로 된 증빙을 받지 않았을 때 붙는 가산세)입니다. A법인은 2026년 2월 20일 심판청구를 냈습니다.

세무서는 이렇게 봤습니다

조사 당시 B사 대표이사는 가족까지 연락이 닿지 않는 소재불명 상태였습니다. 세무서는 B사 임원 C씨의 금융거래와 관련자 진술을 근거로, C씨가 B사와 B사의 매입처를 둘 다 실제로 운영했다고 봤습니다.

A법인이 낸 증빙도 믿기 어렵다고 했습니다. 계약서에는 인수증을 발행한다고 되어 있는데 실제로 낸 건 거래명세표였고, 거기 적힌 인수자 D씨는 A법인 근로소득 지급명세서에 나오지 않았습니다. 게다가 A법인은 자체 보관 자료 없이 B사에게서 받은 자료만 냈습니다. 장부와 증빙은 5년 보관해야 하는데 A법인은 3년만 보관했다고 했거든요.

청구인은 이렇게 맞섰습니다

1. 부품을 실제로 받았고 대금도 B사에 정상적으로 지급했습니다. 계약서, 거래명세서, 대금 지급 내역을 냈습니다.
2. 한 세무서는 가공거래라 하고 다른 세무서는 위장거래라 하니, 위장으로 본 근거를 분명히 대야 한다고 했습니다.
3. 고발 내용에서도 C씨는 '실사업자'가 아닌 '실행위자'로 적혀 있었습니다.
4. D씨는 사정상 정직원 등록만 안 됐을 뿐 실제 직원이고, 2018년부터 원청과 주고받은 견적서에 이름이 나옵니다.
5. 계약 전에 사업자등록증·등기부등본을 확인하고 B사 본사에서 대표와 임원을 만났습니다. 언론 보도, 기술 인증서, 특허증도 살펴봤습니다.

조세심판원의 판단

계약서와 법인계좌 송금이 공급자를 보여 줬습니다

계약서의 당사자는 A법인과 B사, 두 법인이었습니다. 대금도 2020년 4월 29일과 5월 29일 두 차례 B사 법인계좌로 보냈습니다. 그래서 심판원은 공급자를 일단 B사로 추정할 수 있다고 봤습니다.

위장이라면 실제 공급자가 따로 확인돼야 합니다

물건을 실제로 받은 게 인정되는 이상, 위장세금계산서가 되려면 B사 말고 다른 "실제 공급자가 확인되어야" 한다고 봤습니다. C씨가 B사를 사실상 움직였더라도, C씨가 개인사업자나 다른 법인 대표로서 독자적으로 물건을 공급했다는 증명이 없었습니다. 심판원은 "그 개연성만으로 과세"하는 건 타당하지 않다고 했습니다.

대금이 B사에 들어온 날 같은 금액이 B사 매입처로 나간 사정은, A법인이 돈을 보낸 뒤의 일이라 거래 당사자를 정하는 직접 증거로 보기 어렵다고 했습니다. C씨가 정상 거래가 맞다고 써 준 확인서도 함께 고려됐습니다.

결론: 부가세·법인세 고지 전부 취소

부가세와 법인세 가산세 고지가 모두 취소됐습니다. 선의의 거래당사자(속은 줄 모르고 주의를 다한 거래 상대방)인지는 따져 볼 필요가 없어 판단하지 않았습니다. 결정 당시 법 기준의 판단입니다.

우리 사업장에 적용하면

이 사건은 세무서가 실제 공급자를 특정하지 못해서 납세자가 이겼습니다. 증빙이 탄탄했던 건 아닙니다. 인수증 미비, 직원 등록 누락, 3년 보관은 모두 약점으로 지적됐어요. 거래처 쪽에서 다른 공급자가 드러나는 사건이라면 결과가 달라질 수 있습니다.

비슷한 처분을 받았다면

세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받았다면 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사(고지 전에 과세가 맞는지 다시 봐 달라는 청구)를 할 수 있습니다. 이미 고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 해야 합니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일입니다. 세무사는 여기까지 대리할 수 있고, 그다음 행정소송은 변호사가 맡습니다.

근거 조문

• 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액): 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서의 매입세액은 공제하지 않음
• 부가가치세법 제60조(가산세): 실제 공급자가 아닌 자 명의의 세금계산서를 받으면 공급가액의 2% 가산세
• 법인세법 제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세): 사실과 다른 증빙을 받으면 그 금액의 2% 가산세
• 국세기본법 제68조(청구기간): 처분 통지를 받은 날부터 90일 이내 심판청구
• 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사): 과세예고통지 등을 받은 날부터 30일 이내 청구

원출처

• 조세심판원 조심 2026소1597: 실물 거래가 인정되고 별도의 실제 공급자가 확인되지 않으면 위장세금계산서로 볼 수 없다고 보아 부가세·법인세 처분 취소

오늘의 점검표

• [ ] 거래처와 법인 명의로 계약서를 쓰고, 상대 사업자등록증 사본을 함께 보관했나요
• [ ] 대금을 세금계산서 발행 법인의 계좌로 보냈나요
• [ ] 계약서에 정한 인수증·검수 서류를 실제로 받아 두었나요
• [ ] 입고 담당자가 회사 직원으로 확인되는 사람인가요
• [ ] 장부와 증빙을 신고기한 지난 뒤 5년 이상 보관하고 있나요

세무법인대승이 도와드립니다

과세예고통지나 고지서를 받으셨다면, 세무법인대승이 불복해 볼 만한 사건인지 먼저 검토해 드립니다. 과세전적부심사, 이의신청, 심판청구를 대리하고, 경정청구(이미 낸 세금이 많았다며 고쳐 달라고 하는 신청)로 돌려받을 세금이 있는지도 함께 찾아 드립니다. 청구기한이 짧으니 통지서를 받으시면 바로 연락 주세요.