거래처 세무조사가 위법하면 그 자료로 매긴 내 세금도 취소될까요

이런 처분을 받았습니다

A씨 등 네 사람은 한 광역시에서 자동차 휠 판매와 수리를 하는 작은 개인사업자입니다. 모두 같은 타이어 업체(이하 C업체)와 거래해 왔어요.

2023년 6월부터 9월까지 세무서가 C업체를 비정기 세무조사(정기 순번이 아니라 따로 정해서 하는 조사)했습니다. 조사 공무원은 C업체 사무실 컴퓨터의 회계프로그램에서 매입장·매출장을 엑셀 파일로 내려받아 자기 국세청 웹메일로 보냈어요. 이 파일과 C업체 대표의 진술을 바탕으로 2024년 1월 파생 과세자료(조사 중에 다른 사람에 관해 나온 과세 단서)가 A씨 등의 관할 세무서로 넘어갔습니다. A씨 등이 C업체에서 세금계산서를 실제보다 많이 받았다는 내용이었습니다.

2024년 4월 해명 요청을 받은 뒤 두 사람이 6월에 2018년 1기~2022년 1기 부가가치세를 수정신고(덜 낸 세금을 스스로 고쳐 신고)했습니다. 그런데 2024년 10월 국세청이 C업체의 심사청구를 받아들였어요. 그 파일에 근거한 과세는 위법하다며 C업체 세금을 모두 취소한 겁니다. 두 사람은 12월에 경정청구(이미 낸 세금이 많았다며 고쳐 달라고 하는 신청)를 했지만 2025년 1월 거부됐습니다. 2025년 5월에는 2019년 귀속 종합소득세 고지까지 나왔습니다. 부풀려 받은 매입분을 필요경비(사업 비용)에서 뺀 것이에요.

세무서는 이렇게 봤습니다

세무서는 A씨 등이 그 조사의 대상이 아니었으니 조사 절차의 위법을 주장할 수 없다고 했습니다. 넘겨받은 것은 검토용 자료일 뿐이고, 해명 기회와 과세예고통지를 거쳐 따로 확인했으니 절차상 흠도 없다고 했어요. 해명 절차를 거치면서 조사의 위법과 이번 과세 사이의 연결이 끊겼다는 주장도 폈습니다. 스스로 수정신고한 부가가치세는 그대로 확정됐고, 세금계산서를 부풀린 사실이 바뀐 것도 아니니 경정청구 사유가 없다고 봤습니다.

청구인은 이렇게 맞섰습니다

1. 세법상 의무를 제대로 지키지 못한 점은 인정하고 반성한다.
2. 그래도 과세의 출발점인 자료가 위법한 조사에서 나왔고, C업체 과세는 이미 국세청에서 위법 판단을 받았다.
3. 그 자료가 넘어오지 않았다면 해명 요청도, 수정신고 권유도, 고지도 없었다.
4. 같은 자료로 과세된 C업체의 다른 거래처가 2025년 11월 지방법원에서 이겼고, 그 판결이 확정됐다며 판결서를 냈다.

조세심판원의 판단

과세 근거가 처음부터 위법한 파일이었습니다

심판원은 처분에 이르는 절차 어딘가에 위법이 있으면 처분의 효력에도 영향을 준다고 봤습니다. 헌법의 적법절차 원칙은 공무원의 위법행위를 막는 역할도 하고, 세금 문제에도 그대로 적용된다는 이유예요.

결론에 영향을 준 사실은 네 가지입니다. 세금계산서 과다 발급은 거래처·품명·공급가액이 담긴 그 파일로 알아낸 것이었습니다. C업체 대표에게 한 질문도 그 파일을 토대로 했고, 파일이 없었다면 질문조차 못 했을 것으로 봤어요. A씨 등은 따로 세무조사를 받은 적이 없었습니다. 같은 방식으로 과세된 다른 거래처 사건에서 법원도 위법하다고 판단했습니다.

스스로 한 수정신고도 되돌릴 수 있었습니다

심판원은 수정신고도 위법한 자료에서 출발했으니 근거가 위법하다고 봤습니다. 위법하게 모은 파일은 쓸 수 없으므로 "해당 자료는 존재하지 않는 것"이라는 판단이에요. 그러니 경정청구를 거부할 적법한 근거도 없다고 했습니다.

결론

2019년 귀속 종합소득세 부과와 2018년 1기~2022년 1기 부가가치세 경정청구 거부를 모두 취소했습니다. 결정 당시 법 기준의 판단입니다.

우리 사업장에 적용하면

이 결정이 세금계산서를 부풀려 받아도 된다는 뜻은 아닙니다. 청구인들도 잘못은 인정했거든요. 이 사건에서 이길 수 있었던 사정은 세 가지입니다. 거래처 조사가 이미 국세청에서 위법 판단을 받았고, 과세 근거가 처음부터 끝까지 그 파일에서 나왔고, 본인들은 따로 조사받지 않았어요. 세무서가 다른 적법한 증거로 거래를 확인했다면 결과가 달랐을 수 있습니다.

해명 요청을 받았다면 서둘러 수정신고하기 전에 그 자료가 어디서 나왔는지 먼저 확인해 보세요.

비슷한 처분을 받았다면

세무조사에서 조사대상자가 아닌 사람에 관해 나온 자료로 과세할 때는 세무서가 미리 과세예고통지를 하게 되어 있습니다. 이 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사(고지 전에 세금이 맞는지 다시 봐 달라는 신청)를 청구할 수 있어요. 고지서를 이미 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심판청구나 심사청구를 하면 됩니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내입니다. 여기까지는 세무사가 대리할 수 있고, 그 뒤 행정소송은 변호사가 맡습니다.

근거 조문

• 국세기본법 제81조의10(장부등의 보관 금지): 세무공무원은 조사 목적으로 납세자 장부를 임의로 가져갈 수 없고, 일시 보관하려면 동의서와 보관증이 필요하다.
• 국세기본법 제16조(근거과세): 과세는 장부와 그에 관련된 증거자료에 따라야 한다.
• 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사): 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 청구한다.
• 국세기본법 제68조(청구기간): 심판청구는 처분 통지를 받은 날부터 90일 이내에 한다.

원출처

• 조세심판원 조심 2025구3368 · 세목 국세기본 · 결과 인용: 위법한 세무조사에서 파생된 과세자료로 한 과세와, 그 자료에 따른 수정신고의 경정청구 거부를 모두 취소함.

오늘의 점검표

• [ ] 받은 통지서가 과세예고통지인지 고지서인지, 받은 날짜는 언제인지 확인했다
• [ ] 과세자료가 거래처 세무조사에서 나온 것인지 안내문에서 확인했다
• [ ] 그 거래처가 불복했는지, 결과가 나왔는지 알아봤다
• [ ] 우리 사업장이 별도 세무조사를 받았는지 기록을 찾아봤다
• [ ] 수정신고를 했다면 경정청구가 가능한지 검토를 맡겼다
• [ ] 실제 거래와 세금계산서 금액이 일치하는지 증빙을 맞춰 봤다

세무법인대승이 도와드립니다

과세예고통지나 고지서를 받으셨다면, 세무법인대승이 불복해 볼 만한 사건인지 먼저 검토해 드립니다. 과세전적부심사, 이의신청, 심판청구를 대리하고, 이미 낸 세금 중 경정청구로 돌려받을 수 있는 몫도 찾아 드립니다. 청구 기한이 30일, 90일로 짧으니 통지서를 받으면 바로 연락해 주세요.