[창업 세무 가이드 #15] 영농조합법인 vs 농업회사법인 감면 차이

이런 고민, 하고 계신가요

귀농 4년 차 한지수 씨(41)는 이웃 농가 넷과 함께 쌀과 고구마 농사를 짓고 있어요. 겨울에는 고구마칩도 만들어 팝니다. 다 같이 "이참에 법인을 세우자"고 뜻을 모았는데, 영농조합법인과 농업회사법인 중 어디로 갈지에서 막혔어요. 도시에 사는 대학 동기는 "돈을 넣을 테니 경영에 목소리를 낼 권리(의결권)도 달라"고 하고요. 지수 씨가 묻습니다. "세금 혜택은 어느 쪽이 더 커요?"

먼저 결론부터

1. 두 법인 모두 식량작물재배업소득(쌀·보리·고구마처럼 식량이 되는 작물을 길러서 번 소득)에 대한 법인세는 전액 면제예요. 차이는 그 밖의 소득에서 생깁니다.
2. 농사를 함께 짓는 사람들끼리 꾸리려면 영농조합법인, 외부 투자를 받거나 가공·유통을 키우려면 농업회사법인을 먼저 검토해 보세요.
3. 어느 쪽이든 농업경영정보를 등록하고 감면을 신청해야 혜택을 받아요. 현행 조문의 기한은 2026년 12월 31일이라 연장 여부를 꼭 확인하세요.

하나씩 따져 보기

두 법인은 성격부터 달라요

영농조합법인은 '품앗이를 법인으로 만든 것'에 가까워요. 농업인 5인 이상이 조합원이 되고, 농업인이 아닌 사람은 의결권 없는 준조합원으로만 참여할 수 있거든요.

농업회사법인은 '농사가 본업인 주식회사'라고 보면 돼요. 주식회사나 유한회사 같은 회사 형태로 세우고, 농업인이 아닌 사람도 출자하면 의결권을 가져요. 다만 비농업인이 출자할 수 있는 몫에 한도가 있으니 설립 전에 요건을 확인해야 해요. 지수 씨 동기가 원하는 투자 방식은 농업회사법인 쪽이에요.

법인세 감면은 어디서 갈릴까요

영농조합법인은 식량작물 말고 다른 소득(채소 재배, 가공 등)도 대통령령에서 정한 범위까지는 법인세를 면제해 줘요. 이 범위는 조합원 수 같은 요건으로 계산하니 따로 확인해야 해요.

농업회사법인은 식량작물이 아닌 작물재배 소득은 정해진 범위까지 면제돼요. 작물재배가 아닌 소득 가운데 대통령령으로 정한 소득은 법인세를 50% 감면받는데, 기간은 그 소득이 처음 생긴 해부터 모두 5년이에요. 사업을 시작하고 5년이 지나도록 그런 소득이 없으면 5년째 되는 해부터 셉니다. 가공이나 유통이라고 해서 모두 감면 대상은 아니라서, 우리 사업이 해당하는지 미리 맞춰 봐야 해요.

땅이나 창고를 법인에 넣을 때

돈 대신 땅이나 건물을 출자하는 것을 현물출자라고 해요. 지금은 농지·초지와 농작물재배업·축산업·임업에 직접 쓰던 부동산을 현물출자하면 이월과세를 받을 수 있어요. 이월과세는 개인이 낼 양도소득세를 바로 내지 않고 미뤄 두었다가, 나중에 법인이 그 부동산을 팔 때 내는 방식이에요. 농업회사법인이라면 「농지법」상 농업법인 요건을 갖춘 경우에만 받을 수 있어요.

숫자로 비교해 보기

지수 씨네가 농업회사법인을 세웠고, 어느 해 법인세 산출세액(감면 전 세금)이 1,500만 원 나왔다고 가정해 볼게요. 계산을 쉽게 하려고 소득별로 몫을 나눠 놓았어요.

위 금액은 법인세(국세)만 계산한 것이고, 지방소득세는 넣지 않았어요. 지방소득세 감면은 따로 확인해야 해요. 실제로는 소득을 나누는 계산이 더 복잡하고 다른 요건이 붙을 수도 있어요.

놓치기 쉬운 함정

1. 법인을 세우기만 하면 끝이 아니에요. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농업경영정보를 등록한 법인만 감면을 받을 수 있어요.
2. 요건을 갖췄더라도 정해진 방법으로 감면을 신청해야 해요.
3. 이월과세를 받은 뒤 출자일부터 3년 안에 받은 지분의 50% 이상을 처분하면, 처분한 달의 말일부터 2개월 안에 미뤄 둔 양도소득세를 내야 해요. 이때 이자상당액도 더해져요.
4. 법인이 번 돈이 모두 감면 대상은 아니에요. 땅을 팔아 남긴 이익이나 보조금처럼 농사와 거리가 먼 수입은 감면 소득에 들어가는지 따로 따져 봐야 해요.

근거 조문

• 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) — 영농조합법인의 법인세 면제, 조합원 배당 면제와 5% 분리과세
• 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) 제7항·제9항·제10항 — 부동산 현물출자 이월과세와 3년 안에 처분할 때 납부하는 규정
• 조세특례제한법 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) — 농업회사법인의 법인세 면제·5년간 50% 감면, 배당 특례, 이월과세

창업 전 점검표

• [ ] 출자할 사람 가운데 농업인이 몇 명인지, 외부 투자자에게 의결권을 줄지 정했나요?
• [ ] 예상 매출을 식량작물·다른 작물·가공·유통으로 나눠 보았나요?
• [ ] 우리 사업이 50% 감면 대상 소득에 들어가는지 확인했나요?
• [ ] 설립 뒤 농업경영정보 등록 일정을 잡았나요?
• [ ] 땅이나 창고를 현물출자한다면 3년 안에 처분할 계획이 없나요?
• [ ] 2026년 12월 31일 기한이 연장됐는지 확인했나요?